Родился 16 февраля 1949 года в городе Ровеньки Ворошиловоградской (ныне Луганской) области, в семье служащих.
Получив среднее образование, поступил в Славянский техникум железнодорожного транспорта, который окончил в 1968 году.
В 1972 году окончил Одесскую духовную семинарию и продолжил духовное образование в Ленинградской Духовной Академии.
В 1976 году по окончании ЛДА патриаршим стипендиатом со степенью кандидата богословия за сочинение «Миссионерские труды митрополита Московского и Коломенского Иннокентия (Вениаминова), апостола Америки» был принят в аспирантуру при Московской Духовной Академии.
В 1976 году возглавил молодежную делегацию представителей духовных школ РПЦ, посетившую Финляндию, Болгарию и Святую Гору Афон.
5 января 1974 года Митрополитом Ленинградским и Новгородским Никодимом был пострижен в монашество с именем Мефодий, в честь святого равноапостольного Мефодия.
7 января в Николо-Богоявленском кафедральном соборе Ленинграда рукоположен во иеродиакона.
24 апреля того же года в храме святого апостола Филиппа в Новгороде митрополит Никодим рукоположил его во иеромонаха.
С 1976 года Одновременно с обучением в аспирантуре нес пастырское послушание в храме Московского Новодевичьего монастыря. Тогда же был зачислен в штат Отдела Внешних Церковных Сношений в качестве референта, а
4 апреля 1977 года решением Священного Синода был назначен заместителем председателя ОВЦС и возведен в сан архимандрита.
С сентября 1979 года служил в малом соборе Донского монастыря и в Московском храме Ризоположения Господня.
Постановлением Святейшего Патриарха Пимена и Священного Синода от 24 апреля 1980 года архимандриту Мефодию (Немцову) определено быть епископом Иркутским и Читинским, временно управляющим Хабаровской епархией.
26 апреля наречен, а 27 апреля хиротонисан во епископа Иркутского и Читинского в Сергиевском Трапезном храме Троице-Сергиевой Лавры.
С 16 июля 1982 года - епископ Воронежский и Липецкий.
В 1985 - 1989 годах, помимо управления епархией, возглавлял финансово-хозяйственное управление Московской Патриархии.
26 июля 1985 года возведен в сан архиепископа.
В 1986-1988 годах - член юбилейной комиссии по подготовке и проведению празднования 1000-летия Крещения Руси. На него была возложена подготовка и материальное обеспечение празднеств.
В 1988 году назначен председателем ответственной комиссии по реставрации и строительству Свято-Данилова монастыря в Москве. В апреле того же года за труды по подготовке и проведению празднования 1000-летия Крещения Руси возведен в сан митрополита.
В августе 1988 года возглавил делегацию Русской Православной Церкви по празднованию в США 1000-летия Крещения Руси.
В феврале 1990 года назначен руководителем делегации Московского патриархата православно-католической комиссии по урегулированию отношений православных и католиков восточного обряда в Западной Украине.
С 1997 года - член попечительского совета по изданию Православной энциклопедии. В этом же году патриархом Алексием назначен членом комиссии по подготовке и проведению юбилейных торжеств 2000-летия христианства и одновременно председателем историко-правовой комиссии Русской Православной Церкви.
В 1998 году избран председателем Фонда по премиям памяти митрополита Московского и Коломенского Макария (Булгакова), учредителями которого являются Российская Академия Наук, Правительство Москвы и Русская Православная Церковь.
С 2000 года состоит членом Совета по взаимодействию с общественными и религиозными организациями и объединениями при Президенте Российской Федерации.
В сентябре 2001 года был включен в состав Российского организационного комитета «Победа».
Возглавляет редакционный совет ежеквартального научного журнала Макарьевского фонда «Исторический вестник», является членом редколлегии ежегодного издания РАН «Религии мира».
С 7 мая 2003 года по 5 марта 2010 года - глава митрополичьего округа в Казахстане.
28 ноября 2003 года указом президента Республики Казахстан Назарбаева Н. А. включен в состав Национального Совета Республики.
23-24 октября 2003 года возглавил делегацию Русской Православной церкви на Съезде мировых и традиционно-национальных религий в Астане.
22 декабря 2003 года по решению Совета введен в состав Ассамблеи Народов Казахстана.
Постановлением Священного Синода Русской Православной Церкви от 5 марта 2010 года митрополиту Мефодию (Немцову) определено быть митрополитом Пермским и Соликамским.
Решением Священного Синода от 24 декабря 2010 г. (журнал № 141) назначен ректором Пермской духовной семинарии.
Решением Священного Синода от 27-28 декабря 2011 г. (журнал № 169) утвержден в должности настоятеля (священноархимандрита) Свято-Троице-Стефанова мужского монастыря г. Перми и
Белогорского Николаевского мужского монастыря д. Белая Гора Пермского края.
Решением Священного Синода от 19 марта 2014 года (журнал № 9) Епархиальному архиерею Пермской епархии иметь титул «Пермский и Кунгурский». Главой Пермской митрополии назначить Преосвященного Пермского и Кунгурского Мефодия.
Церковные и государственные награды:
Церковные:
орден св. равноап. кн. Владимира I ст.;
орден св. блгв. кн. Даниила Московского II ст.;
4.07.1988 г. — именная панагия.
2009 г. — орден свт. Алексия Московского II ст.;
2010 г. — орден прп. Серафима Саровского I ст.;
награды Иерусалимской, Чешских земель и Словакии и Сербской Православных Церквей.
25 февраля 2014 года-орден святителя Иннокентия, митрополита Московского, II степени
Государственные:
государственный орден Дружбы;
государственный орден «За заслуги перед Отечеством» II ст.
государственный орден Александра Невского
Государственные награды Казахстана:
Медаль «10-летие Конституции Республики Казахстан»
15.12.2005 г. — Орден "Достык" ("Дружба") II степени.
